I samband med dränering av Appuna kyrka genomförde Östergötlands länsmuseum i maj 2009 en arkeologisk förundersökning. Den ursprungliga markytan på kyrkogården visade sig vara kraftigt uppfylld med stenar och raseringslager från den rivna medeltida kyrkan. I raseringslagret fanns putsfragment med spår av dekoratationsmåleri, formtegel och enstaka metallföremål.

På kyrkans östra sida berördes sex intakta gravar av schaktningen. Endast två av gravarna behövde flyttas. Dessa dokumenterades på plats och återbegravdes därefter intill sina ursprungliga platser. En av gravarna innehöll en yngre individ som fått med sig 33 svarta glaspärlor i graven.