Efter tillstånd från Länsstyrelsen Östergötland genomförde Östergötlands länsmuseum i november 2006 en arkeologisk förundersökning på Ekebyborna kyrkogård. Orsaken var nedgrävandet av ledningar för att avleda takvatten.

Ekebyborna kyrka är byggd i sten i romansk stil under 1100-talets andra hälft. Koret bestod ursprungligen av en kvadratisk mindre del med absid. På 1400-talet välvdes kyrkan och ett smalare kor tillbyggdes. Från samma århundrade finns även kalkmålningar. Nuvarande kyrkogårds utbredning är densamma som på storskifteskartan över Ekeby från 1770 och troligen ursprunglig.

Rörledningarna för takvattnet grävdes ned grunt och inga intakta gravar eller konstruktioner kom att beröras.