I samband med åtgärder mot hussvamp i Rappestads kyrka genomfördes i november och december 2021 en arkeologisk undersökning i form av en schaktningsövervakning. Vid saneringen avlägsnades golvet i den nordvästligaste delen av långhuset och lagren under golvet grävdes bort till ett djup av ca 0,3 - 0,5 m. Dessutom knackades putsen bort på ett parti av den norra och västra väggen.

I golvlagret påträffades, förutom stenar, tegelbitar och murbruk, spridda människoben, spikar och en kritpipa. Under de bortgrävda massorna framkom grus med antydan till nedgrävningar, vilka sannolikt representerar gravnedgrävningar. Kyrkans väggar var murade av större kluvna stenblock. Mindre stenar och tegel har använts som skolstenar i murverket. Fönsteromfattningen var murad med tegel. I murverket fanns tegel och kalkstenar med spår av puts och färg, vilka sannolikt är återanvända från den medeltida kyrkan.