Östergötlands länsmuseum utförde under 1999 - 2000 en arkeologisk förundersökning på Linköpings slotts inre borggård. Det aktuella arbetet föranleddes av en ombyggnad och renovering av slottets norra flygel inför inrättandet av Linköpings Slotts- och Domkyrkomuseum. I samband med detta planerade man ett byte av befintliga el- och vattenledningar på borggården och i norra flygeln. En ny fjärrvärmeledning och sprinklerledning skulle dras fram och anslutas för installering av nytt värme- respektive sprinklersystem i norra flygeln.

Schaktsträckningarna löpte längs södra sidan av slottets norra flygel, längs västra längans östra fasad i dess norra del och tvärs över borggården till södra flygeln i dess östra del, en sträcka på ca 65 löpmeter. Inne i bottenvåningen av norra flygeln grävdes fyra schakt till en sammanlagd yta av ca 24 kvm.

I borggårdsschakten kunde hela 24 äldre ingrepp, som inte varit föremål för antikvarisk kontroll, samt ett flertal bränder dokumenteras. Ett kollager på östra delen av borggården kunde dateras till mellan sent 1000- och tidigt 1100-tal. Det låg i den övre delen av det äldsta kraftiga kulturlagret, vilket visar att borggårdens historia börjar under 1000-talet. Flera raserings- och byggnadslager kunde kopplas till slottets byggnadshistoria.

Inomhus hittades rester av trägolv, kullerstensytor och väggrester. Ett stenskott stolphål med rester av en stolpe daterades till troligt 1300-tal. Den har troligen stöttat en palissad som varit föregångare till ringmuren. Murrester efter Gustav Vasas andra byggnadsetapp på 1540-talet framkom också.