Under åren 2004 och 2005 utfördes inom Krokeks ödekyrkogård och i närområdet en inventering och kartering. Dessutom utfördes en markradarundersökning. Sammantaget med resultaten från ovan beskrivna arbeten och studier av litteratur, kartmaterial och handlingar ur Östergötlands länsmuseums arkiv har en första bild kunnat tecknats av Krokek kloster.

Krokeks kloster tillhörde franciskanorden och etablerades mellan 1420 och 1440. Klostret stängdes på 1540-talet. Klosterkyrkan var placerad i den norra delen av dagens ödekyrkogård. Den var ca 45 m lång och bestod av långhus, vapenhus, utdraget kor med avrundat östparti och sakristia. Vid markradarundersökningen kunde inga tydliga konstruktioner urskiljas inom platsen för kyrkan. Däremot urskiljdes underliggande murar söder om kyrkan. De bildade en kringbyggd öppen yta. Troligen utgör den en klostergård omsluten av korsgångar. Strax sydost om denna konstruktion fanns ytterligare rester efter murar som troligen ingått i en eller flera byggnader.

Klosterområdet har med all sannolikhet sträckt sig söder om dagens kyrkogårdsmur. Området kan som mest ha uppgått till mellan 6 000 och 8 000 kvm. Dess södra begränsning har bestått av en mur eller med sten uppbyggd markering. Söder om dagens kyrkogårdsmur finns två större grunder hörande till byggnader. De har förmodligen ingått i klosteranläggningen. En av dessa kan ha använts som förråd eftersom en stor öppning, lämpad för in- och uttransporter, finns i söder.

Några hundra meter söder om ödekyrkogården påträffades ett område med en koncentration av sten, tegel och slagg. Området kan höra till järn- eller kopparverksamheter som utfördes under klostertid.