Genom fondmedel från Berit Wallenbergs stiftelse kunde Östergötlands länsmuseum under oktober 1994 och oktober 1995 genomföra två arkeologiska forskningsundersökningar vid Söderköpings franciskanerkonvent. Detta för att komplettera de större undersökningar som utfördes åren 1991 och 1992. Bland annat kunde läget för kyrkans nordmur fastställas. Det visade sig att bostadshusen på tomterna Hospitalsstugorna 6 och 7 båda utnyttjar kyrkans grundmurar för sin egen grundläggning och att kyrkans nordmur ligger i liv med de nuvarande husens nordväggar och gräns mot Hospitalsgatan.

I kvarteret Hospitalsstugorna 7 och i Trångsundsgränd kunde en välbevarad sträcka av det gotiska tegekoret dokumenteras. Det visade sig också sig att den av Lundberg föreslagna sträckningen för ett äldre rakslutet kor som skulle vara anslutet till tegelkoret i norr saknas. Lundberg har här missbedömt förekomsten av ytterligare en strävpelare till tegelkoret. Sannolikt har avsikten varit att bygga en kyrka där den äldre romanska kyrkan skulle ingå som ett nordligt sidoskepp. Av någon anledning har endast koret till denna nya kyrka färdigställts.